При эндо-узи пациент ложится на бок на кушетку, сгибает ноги в коленях, притягивает их груди. Врач вводит в кишечник тонкий катетер, который наполняется жидкостью. После этого в прямую кишку вводится датчик и выполняется исследование. Затем жидкость выводится, диагностика проводится заново.
УЗИ также может проводиться трансабдоминально — врач водит датчиком по кожному покрову пациента, наполнение кишечника выполнять не нужно. Метод требует подготовки.